De hulp van de Pakistaanse speciale diensten aan radicale fundamentalisten was destijds ook alarmerend voor de leiding van verschillende Centraal-Aziatische republieken. In het bijzonder eiste Oezbekistan dat Pakistan onmiddellijk "afhandelt" met de radicale groeperingen die in het land actief zijn, die burgers van Oezbekistan uitnodigden naar Pakistan voor religieuze en militaire training. Het grootste deel van de studenten in de trainingskampen kwam uit de Ferghana-vallei, die al lang bekend staat als een bolwerk van religieuze fundamentalisten in Oezbekistan. Volgens de inlichtingendiensten van Oezbekistan werden begin 1998 in Pakistan minstens 400 mensen uit de republieken van Centraal-Azië, voornamelijk uit Oezbekistan en Tadzjikistan, opgeleid. Uiteraard kon hun opleiding niet worden uitgevoerd zonder medeweten en toestemming van de Pakistaanse autoriteiten.
In Afghanistan, de Pakistaanse inlichtingendiensten tegen het einde van de jaren negentig. directe steun aan de Taliban. Islamabad probeerde de interne politieke situatie in Afghanistan te stabiliseren, waarvoor hij de meest serieuze structuur moest vinden en selecteren vanuit het oogpunt van de Pakistaanse autoriteiten in het complexe spectrum van het Afghaanse politieke veld. Een dergelijke structuur was de Taliban, die ooit niet zonder Pakistaanse (maar ook Saoedische en Amerikaanse) hulp werd opgericht. Voor Pakistan was de Taliban een meer acceptabele politieke macht dan de ongelijksoortige Noordelijke Alliantie die door Rusland werd gesteund. Het flirten met religieuze radicalen buiten Pakistan had echter onvermijdelijk gevolgen voor de interne politieke situatie in het land. Fundamentalisten hebben een zeer serieuze invloed gekregen op politieke processen, vooral op het leger, dat al lang niet meer de ruggengraat van seculiere krachten is. Verdieping van de samenwerking met Afghaanse, Kashmiri, Tadzjiekse en Oezbeekse fundamentalisten heeft ook bijgedragen aan de verdere versterking van radicale opvattingen binnen het Pakistaanse leger. Als er nog steeds officieren in de hoogste rangen van het leger waren die aanhangers waren van een meer seculier regeringsmodel, dan hield de lagere commandostaf van het Pakistaanse leger bijna volledig vast aan religieuze fundamentalistische ideeën.
Tegen het einde van de jaren negentig. opnieuw was er een ernstige complicatie van de betrekkingen tussen Pakistan en India. Het belangrijkste struikelblok tussen de twee 'zwaargewichten' van de Zuid-Aziatische politiek was, net als voorheen, Kasjmir. Pakistan eiste ook de rest van de regio op, die onder Indiase controle stond. In Islamabad werd de "partij van de oorlog" voornamelijk vertegenwoordigd door de militaire elite, die de belangrijkste voorstander bleef van het destabiliseren van de situatie in Indiaas Kasjmir en het steunen van de Kashmiri-separatisten. In mei 1990 vielen eenheden van de Pakistaanse speciale troepen het Indiase deel van Kasjmir binnen. Ondanks het feit dat Pakistan zich behoorlijk grondig heeft voorbereid op de operatie, die deel uitmaakte van geschiedenis zoals de "Kargil-oorlog" hebben de strijdkrachten van India de Pakistaanse speciale troepen een passende afwijzing gegeven. Op 26 juli 1999 eindigde het Kargil-conflict in de nederlaag van Pakistan. Indiase troepen, hoewel ze indrukwekkende verliezen leden, waren in staat om de controle terug te krijgen over alle gebieden die in de begindagen van de oorlog waren ingenomen door Pakistaanse eenheden en de Kashmiri Mujahideen. In Islamabad zorgde de nederlaag in het Kargil-conflict voor gemengde reacties. De Pakistaanse premier Nawaz Sharif was er snel bij om het Pakistaanse leger de schuld te geven van de nederlaag van de operatie - ze zeggen dat deze legerleiding op eigen initiatief handelde en dat zijn acties tot zo'n betreurenswaardig einde leidden. De woorden van de premier veroorzaakten echte verontwaardiging bij de Pakistaanse militaire elite.
Tegen de tijd van de beschreven gebeurtenissen was de post van stafchef van de Pakistaanse grondtroepen in handen van generaal Pervez Musharraf (geboren in 1943), die uit een familie van Indiase Muhajirs (immigranten) kwam. Hij was het die Nawaz Sharif de schuld gaf van de gebeurtenissen in Kargil, en toen Musharraf op zakenreis was in Sri Lanka, kondigde de premier het ontslag van de stafchef van het leger aan en verbood zijn vliegtuig om in Pakistan te landen. Maar tegen die tijd was de militaire elite al klaar om in te grijpen.Op 11 oktober 1999 landde het vliegtuig met Pervez Musharraf veilig op de luchthaven van Karachi. De generaal werd opgewacht door militaire eenheden en op 12 oktober namen de legereenheden binnen een paar uur de controle over alle belangrijkste objecten van het land. In Pakistan vond een militaire staatsgreep plaats, generaal Pervez Musharraf werd het nieuwe hoofd van het land. Hij beperkte de politieke vrijheden en arresteerde premier Nawaz Sharif, die aanvankelijk tot levenslange gevangenisstraf zou worden veroordeeld, maar zich daarna beperkte tot zijn deportatie naar Saoedi-Arabië. Op 20 juni 2001 werd P. Musharraf president van Pakistan, ter vervanging van Rafik Tarar in deze functie.
Generaal Musharraf riep zichzelf uit tot een voorstander van democratie, terwijl hij tegelijkertijd fundamentalisten beloofde dat de democratie in Pakistan gebaseerd zou zijn op de principes van de islam. Tegelijkertijd zette hij een aantal democratische innovaties in, waaronder het reserveren van zetels voor vrouwen, religieuze en nationale minderheden in de wetgevende macht. Toen de beroemde terroristische aanslagen op 11 september 2001 in de Verenigde Staten plaatsvonden, betuigde Pervez Musharraf zijn medeleven aan het Amerikaanse volk en benadrukte hij de inzet van Pakistan voor de strijd tegen het terrorisme. Hiermee zette de generaal een zeer belangrijke stap in de richting van een verdere versterking van de samenwerking met de Verenigde Staten van Amerika.
Op hun beurt waren vertegenwoordigers van radicale organisaties echter zeer ontevreden over het optreden van Musharraf. Toen de Pakistaanse leiding officieel de betrekkingen met de Taliban verbrak en zich aansloot bij de acties tegen Al-Qaeda (een in Rusland verboden organisatie), explodeerde het religieus-conservatieve deel van de Pakistaanse bevolking letterlijk met beschuldigingen tegen generaal Musharraf. De commandant werd beschuldigd van verraad van nationale en religieuze belangen. Dit was echter nauwelijks het geval - althans, het zou in die situatie niet minder verraad zijn geweest aan de ware nationale belangen als we radicale groeperingen uitdagend zouden blijven steunen, wat zou leiden tot de transformatie van Pakistan in een "schurkenstaat" van de wereld politiek en zou het land een ernstige verslechtering van de economische situatie kosten en de militaire macht en politieke invloed in de wereld verzwakken. Daarnaast moet worden opgemerkt dat als gevolg van het beleid van de autoriteiten, die decennialang de belangrijkste begrotingsmiddelen besteedden aan het leger en aan de ondersteuning van radicale organisaties, Pakistan het land bleek te zijn met het laagste opleidingsniveau in Zuid Azie. Ondanks de militaire macht die Pakistan echt tot een regionale macht maakte, bleef het culturele en economische potentieel van het land laag. In een veranderende wereld is het echter noodzakelijk om niet alleen geld uit te geven aan wapens en politieke ambities, maar ook aan de ontwikkeling van menselijk kapitaal.
De gevolgen van jarenlange onoplettendheid van de Pakistaanse autoriteiten voor de ontwikkeling van het intellectuele potentieel van hun eigen burgers zouden door Pervez Musharraf worden 'ontward'. De generaal koos blijkbaar voor een geleidelijke overgang naar een model van seculiere ontwikkeling van het land, en nam uiteindelijk afstand van samenwerking met fundamentalisten. Het kostte de generaal zelf meerdere aanslagen op zijn leven. Voor de periode van 2003 tot 2005. Generaal Pervez Musharraf overleefde drie aanslagen op zijn leven, nog veertien pogingen werden door de Pakistaanse inlichtingendiensten opgelost voordat ze werden gepleegd. Tegelijkertijd gingen de voortdurende aanvallen op de president door de oppositie door, die hem ervan beschuldigden de huidige stafchef van het leger te zijn. Uiteindelijk verliet Pervez Musharraf in november 2007 de functie van stafchef van het Pakistaanse leger. Deze daad werd cruciaal voor zijn presidentiële carrière. Pervez Musharraf verloor immers de status van legercommandant en verloor een aanzienlijk deel van zijn invloed bij de militaire elite van het land. Uiteindelijk kostte het hem het presidentschap van het land. In 2008 verliet hij vrijwillig de functie van staatshoofd, ook omdat het leger, waaruit hij vertrok, weigerde Musharraf te steunen.
Na het verlaten van de functie van president Musharraf, was de politicus en zakenman Mohammedmian Somro minder dan een maand staatshoofd, en vervolgens Asif Ali Zardari (geboren in 1955), een inwoner van de provincie Sindh, maar van oorsprong een vertegenwoordiger van de Baloch Zardari stam, werd de president van het land. Tijdens het presidentschap van Zardari ging zijn confrontatie met Nawaz Sharif, die terugkeerde naar de politiek, door. Er werden echter ook belangrijke stappen gezet om de politieke invloed van het leger te verminderen.
Dit werd mogelijk gemaakt door de functie van generaal Ashfaq Pervez Kayani (geboren in 1952), die de functie van stafchef van de Pakistaanse grondtroepen op zich nam. Generaal Kayani, een erfelijke soldaat, begon te dienen in het Balochistan-regiment van het Pakistaanse leger, diende vervolgens in verschillende commandoposities en leidde de Inter-Services Intelligence of Pakistan, de belangrijkste inlichtingendienst van het land. In januari 2008 vaardigde generaal Kayani een bevel uit dat militaire officieren verbiedt om relaties aan te gaan met vertegenwoordigers van politieke organisaties. Kayani beval vervolgens dat alle officieren van de strijdkrachten hun posities in de civiele regeringskantoren moesten neerleggen. Zo heeft de nieuwe stafchef van het leger zich gevestigd als een principiële tegenstander van de deelname van de strijdkrachten aan het politieke leven van het land.
Blijkbaar paste deze positie van Kayani heel goed bij het leiderschap van Pakistan. In 2010 verlengde het nieuwe staatshoofd, Yusuf Reza Gilani, de ambtstermijn van de stafchef van het leger met drie jaar, waarmee hij benadrukte dat hij volledig tevreden was met het model van niet-deelname van het leger aan de politieke leven van de staat, dat werd geïntroduceerd door Kayani. Tegelijkertijd heeft zich in de verslagperiode een ernstige gebeurtenis voorgedaan, die het gezag van de bevelvoering van de krijgsmacht niet anders kon dan aantasten. We hebben het over de uitdagende eliminatie van de bekende terrorist Osama bin Laden in de stad Abottobad in Pakistan. Het is duidelijk dat de aanval van het Amerikaanse leger in het centrum van Pakistan niets kon toevoegen aan het gezag van het leger, aan de andere kant verklaarde de Pakistaanse leiding de aanwezigheid van Bin Laden in het land door zich niet bewust te zijn van zijn aanwezigheid in Pakistan - maar waarom dan inlichtingen, contraspionage van de strijdkrachten? Er waren nieuwe angsten over de mogelijke samenwerking van het leger met radicale fundamentalisten.
Toen de ambtstermijn van generaal Kayani als stafchef van het leger in 2013 afliep, werd hij echter vervangen door luitenant-generaal Rahil Sharif, van wie ook bekend was dat hij zich verzette tegen de deelname van de strijdkrachten aan het politieke leven van de Pakistaanse staat. De nieuwe stafchef van het leger heeft zich gevestigd als een consequente tegenstander van de activiteiten van de Taliban in Pakistan. Onder zijn leiding gingen de operaties van Pakistaanse troepen tegen de Taliban door in de regio Waziristan, bewoond door Pashtun-stammen.
Tegelijkertijd is de invloed van religieuze radicalen op de visie van het Pakistaanse leger nog steeds een zeer ernstig probleem. Veel sergeanten en onderofficieren van het Pakistaanse leger, gerekruteerd uit de lagere lagen van de samenleving, groeiden op in conservatieve gezinnen, de opvattingen van fundamentalisten over de sociale en politieke structuur lijken hen heel natuurlijk en correct. De geleidelijke verandering in de nationale samenstelling van het officierskorps speelt ook een rol - er komen steeds meer Pashtuns bij, waarvan de verblijfsgebieden, zoals u weet, het bolwerk zijn van religieuze fundamentalisten in Pakistan. In feite zijn alleen het leger en de islam de volwaardige pijlers van het moderne Pakistan. Als deze twee belangrijke instellingen worden verwijderd, wordt de Pakistaanse staat bedreigd met daadwerkelijke vernietiging - etnische verschillen tussen de volkeren van het land zijn zeer groot, belangrijke etnische groepen als de Pashtuns en Balochs hebben hun eigen stabiele identiteit en verlangen naar politieke autonomie, zo niet volledige scheiding. Tegelijkertijd is het, gezien de tradities van militaire discipline en hiërarchie in het Pakistaanse leger, nauwelijks mogelijk om een echte versterking van de positie van fundamentalisten te voorspellen. De hoogste bevelstaf van het leger blijft immers een seculiere mentaliteit, en veel conservatief ingestelde junior officieren zullen niet schitteren om op te klimmen naar commandoposities, of, naarmate ze groeien in posities en een academische militaire opleiding krijgen, zal er een transformatie van hun mentaliteit, de assimilatie van meer gematigde en seculiere opvattingen over het politieke en culturele leven van Pakistan.