In juli 1942 bezetten de Duitsers de stad Azov. Iosif Chernov kreeg een pas van de Duitsers en ging op 8 augustus te voet naar Taganrog, waar volgens hem al vier kerken waren geopend. Enkele dagen na zijn aankomst werd de bisschop ontboden op het burgemeesterschap, waar hem als predikant werd gevraagd om zich te laten registreren. Nadat hij het op 27 augustus 1942 had ontvangen, begon hij te dienen in de aartsbisschoppelijke kerk van de Kruisverheffing. Op 28 augustus wijdde bisschop Joseph de Sint-Nicolaaskathedraal in. "Nu, met de hulp van een groep gelovigen en het kantoor van de burgemeester, wordt het opnieuw een plaats van gebed", zei de plaatselijke collaborerende pers bij deze gelegenheid (het artikel "Inwijding van kerken in Taganrog" werd gepubliceerd in de Novoye Slovo krant 1942. 1 september nr. 73 (76).
De inwijding werd bijgewoond door een aantal eregasten, onder leiding van burgemeester Dieter en zijn plaatsvervanger Akimtsev. Vóór de inwijding van de kathedraal werd bisschop Joseph ontboden op de propaganda-afdeling, waar hem werd gevraagd een toespraak voor medeburgers voor te lezen. Maar later zei Chernov dat hij weigerde de toespraak van de Duitse officier te lezen, evenals zijn eigen preek. "Dit document bevatte laster tegen de orthodoxe kerk en metropoliet Sergius", zou Chernov later tijdens het verhoor in 1945 zeggen.
Het protocol van het verhoor, opgenomen in het onderzoeksdossier, geeft de volgende toelichting op de redenen voor de weigering:
“Vraag: Hebt u toestemming gegeven aan het hoofd van de propaganda om een pro-fascistische en lasterlijke toespraak te houden?
Antwoord: Ik gaf mijn toestemming aan het hoofd van de propaganda om de burgers van Taganrog toe te spreken met een pro-fascistische en lasterlijke toespraak.
Vraag: Wat weerhield u ervan deze opdracht als hoofd van de fascistische propaganda-afdeling te vervullen?
Antwoord: Niets hield me tegen, ik vervulde gewoon niet de taak van het hoofd van de propaganda.
Vraag: En was u niet bang onderworpen te worden aan repressie door de Gestapo omdat u de aan u opgedragen taak van de vijand niet vervulde?
Antwoord: Ik was bang, maar toen ik voor de mensen stond, durfde ik niet naar buiten te komen met verachtelijke leugens tegen de Sovjetregering, de Sovjetrealiteit en de Russisch-orthodoxe kerk.
Onmiddellijk na de inwijding van de tempel ontmoette de commandant van Rostov Tsjernov en bood aan, met goedkeuring van de Duitse autoriteiten, naar de stad Rostov aan de Don te gaan, zogenaamd om kerkdiensten in de kerken te houden. Bij aankomst werd de bisschop ontboden op het kantoor van de commandant, waar de commandant, samen met de Rostov-deken Vyacheslav Serikov, Chernov uitnodigde om deel te nemen aan de geestelijke ondersteuning van krijgsgevangenen. Het ging, zoals Vladyka begreep, over die krijgsgevangenen die zich vrijwillig overgaven en van wie collaborerende eenheden werden gevormd: “Ik gaf een negatief antwoord. Toen vertelde de commandant me dat hij gegevens had die mij belasten in mijn werk voor de Sovjet-Unie, maar hij ondersteunde zijn woorden met niets. Ik weerlegde de argumenten van de commandant. In de loop van het verdere gesprek vroeg de commandant mij hoe ik het Duitse leger kon helpen. Waarop ik een ontwijkend antwoord gaf. Nadat hij naar mij had geluisterd, eiste de commandant dat ik me met fascistische propaganda zou bezighouden. Propaganda is naar zijn mening waardevoller dan goud en sterker armen. Ik weigerde fascistische propaganda te prediken. Daarna kondigde de commandant me aan dat het mij op bevel van generaal Kleist was verboden Rostov en Novocherkassk te bezoeken en de kerk te beheren. En onder begeleiding van Rostov stuurde hij me terug naar Taganrog.
Volgens de eerder genoemde Serikov, die ook in 1944 werd gearresteerd, boden de Duitsers bisschop Joseph "om Hitler tot de rang van een heilige te verheffen", wat werd geweigerd.
In opdracht van de plaatsvervangend burgemeester Akimtsov, die actief deelnam aan het kerkelijk leven van de stad Taganrog, schreef Tsjernov drie anti-Sovjet-artikelen in de plaatselijke collaborerende krant Novoye Slovo.
Op 17 oktober 1942 verscheen een artikel getiteld "Het kruis bekroont de kerken opnieuw", geschreven op de verjaardag van de bezetting van Taganrog. Op 16 december 1942 werd een “kerstgroet” gepubliceerd, ondertekend door de bisschop, zonder enige politieke ondertoon. Een ander artikel werd voorbereid voor de viering van het nieuwe jaar.
Volgens de plaatselijke historicus M.S. Kirichek, “begon de bezetting van Taganrog veel eerder dan andere districten van de regio Rostov, op 17 oktober 1941, en duurde bijna twee jaar, tot 30 augustus 1943. Tijdens de periode van de Duitse bezetting van de regio Rostov werden kerken massaal op de grond geopend. De eerste opening van de tempel in de regio vond plaats in Taganrog. In december 1941 werd hier de begraafplaatskerk van Allerheiligen geopend, het hoofd van de kerk was de eerste die een beroep deed op de nieuwe autoriteiten met een verzoek om deze kerk te openen” (Kirichek M.S. Heilige koepels van Taganrog. Verhaal tempels, verloren en bestaande. Taganrog, 2008. S.122).
Volgens andere bronnen was de Holy Cross Exaltation Bishop's Church de eerste die de diensten hervatte in Taganrog ("Light of Joy in a World of Sorrow: Metropolitan Joseph of Alma-Ata and Kazachstan. P. 145). Bisschop Joseph begon erin te dienen.
Aangezien Joseph Chernov de enige bisschop was vóór de komst van aartsbisschop Nicolaas van Amassia in Rostov, keurde hij V.A. Serikov, voormalig rector van de kathedraal van Rostov, als deken van Rostov. Serikov organiseerde vervolgens op bevel van de Duitsers een diocesaan bestuur in Rostov om de kerken van de door nazi-troepen bezette gebieden van de Kaukasus, Kuban en Don te beheren.
Eind september 1942 werd Tsjernov gedwongen om een schriftelijke verklaring te geven over de aankomende aartsbisschop Nicolaas van Amassia: “De Gestapo eiste van mij een verklaring dat Amassia naar verluidt agitatie voerde tegen de nazi-troepen. Ik schreef erover op zo'n manier dat ik zo'n opwinding niet van Amassia hoorde.
Rond dezelfde tijd bekritiseerde de krant Novoye Slovo actief de religieuze opleving in Sovjet-Rusland en citeerde daarbij de Berlijnse krant Novoye Slovo: “Religieuze vrijheid in de USSR, die, als ze nu wordt uitgevoerd, uitsluitend om politieke redenen is. ” In het artikel "De NKVD in bisschoppelijk gewaad" stond: "De voorgestelde opening van kerken in de Sovjet-Unie leek in het buitenland niet veel respons te krijgen. Nu heeft de Sovjet-agitatie, met de hulp van de NKVD, hun toevlucht genomen tot een nieuwe truc, die de laatste twijfels van buitenlanders die zich nog niet volledig hebben bekeerd, zou moeten wegnemen. In de Sovjetpers zijn de laatste tijd vaak berichten overgekomen die aan Stalin waren gericht door mensen van verschillende religies.
Iosif Chernov verbleef van augustus 1942 tot februari 1943 in Taganrog, toen hij onverwacht het bevel kreeg om Taganrog te verlaten en naar Oekraïne te gaan, naar de stad Melitopol. Maar hij vertrok naar Kakhovka, waar hij van maart tot juni 1943 verbleef, en keerde daarna terug naar Taganrog. Bij zijn terugkeer wijdde de bisschop de Sint-Joriskerk in, hield hij zoals gewoonlijk een religieuze preek en hield hij ook een herdenkingsdienst voor Peter I tijdens de opening van het monument bij de stadstuin. Op 19 juli 1943 verplaatsten de Duitse autoriteiten het monument voor Peter I door de beeldhouwer Antokolsky van de kust naar zijn historische plaats - in het stadscentrum aan de Leninskaya-straat, van waaruit het monument voor Lenin werd verwijderd.
Op het plein bij het monument hield Joseph Chernov na een herdenkingsdienst een toespraak waarin hij de Duitsers bedankte voor het verplaatsen van het monument naar zijn oude plaats en de levensduur van het Duitse leger afkondigde. “Werknemers van het Burgemeesterschap, de politie en vertegenwoordigers van het Duitse commando waren aanwezig bij de opening van het monument, alles gebeurde in een plechtige sfeer, behalve ik, Akimtsov, en er sprak een Duitser, een generaal werd verwacht te komen. Na de hele ceremonie was er een galadiner in het theater.
Andere getuigen beschreven wat er gebeurde enigszins anders: “Tegen 12 uur waren de mensen verzameld. De plaatsvervangend commandant stond op het podium, versierd met bloemen en een fascistische swastika. Hij hield een felicitatietoespraak aan de stad en haar inwoners ter gelegenheid van het herstel van de historische gerechtigheid, de terugkeer van het monument aan de stichter van Taganrog naar zijn historische plaats. Andere sprekers volgden, waaronder de burgemeester van de stad. Maar bisschop Joseph van Taganrog nam het woord. Met absolute stilte begon hij te praten over tsaar Peter I en de rol die hij speelde bij de vorming van het Grote Russische Rijk. Toen liet het orkest het gebed 'God red de tsaar' horen. Het thema eindigde met het lied van Ivan Molchanov, uitgevoerd door het koor "Er was een zaak in de buurt van Poltava".
In augustus 1943 kwamen de troepen van het Zuidelijk Front onder bevel van generaal F.I. Tolbukhin bereidde zich voor om Taganrog in te nemen. Bisschop Joseph verliet met spoed Taganrog voor Mariupol.
Op 30 augustus werd Taganrog bevrijd.
De Sovjet-organen van de NKVD arresteerden bisschop Joseph in juni 1944, na de terugtrekking van de Duitsers op het grondgebied van Oekraïne. Hij werd ervan beschuldigd tot de Duitse inlichtingendienst te behoren en bood aan om uit te leggen hoe hij in leven was gebleven, terwijl hij als doodgeschoten op de lijst van de Gestapo stond: in de stad Uman in de herfst van 1943 werd de bisschop gearresteerd door de Gestapo en ter dood veroordeeld als een Engelse en Sovjet-spion. Wederom vage antwoorden.
De bisschop werd in 1945 berecht als een agent van de Gestapo en een geheime "Johnite" (een volgeling van de sekte van bewonderaars van Johannes van Kronstadt), de organisator van een geheim klooster in de stad Azov. In de zaak waren 43 mensen, voornamelijk 'Joannieten', bij hem.
Tsjernov herkende slechts drie van de talrijke punten van beschuldiging (waaronder zelfs zijn veroordeling van de Patriarchale Kerk), namelijk: anti-Sovjet-publicaties in de krant Novoye Slovo, een toespraak tijdens de overdracht van het monument aan Peter I van de kust naar de stadscentrum en het verzamelen van biografieën van de geestelijkheid voor overdracht aan de Duitsers op hun verzoek.
“Volgens het vonnis van het militaire tribunaal van het Noord-Kaukasische militaire district van 11-19 februari 1946 werd Iosif Chernov veroordeeld tot 10 jaar in werkkampen. Als een "bijzonder gevaarlijke staatscrimineel" werd hij naar een speciaal kamp van het ministerie van Binnenlandse Zaken in de buurt van Tsjeljabinsk gestuurd" (bron: tijdschrift Dukhovestvo, 1995).